Empezada a construirse en 1734, esta iglesia fue inaugurada el 14 de agosto de 1751, con el acto procesional del traslado del Santísimo Sacramento del viejo templo al nuevo.

Uno de los elementos constructivos exteriores más destacables es su cúpula recubierta de tejas de reflejo metálico dorado, que la convierte en excepcional dentro de la variada tipología de iglesias valencianas de la época. Esta cúpula es perfectamente visible desde la “Capelleta” o Capilla de San Antonio.

La fachada se divide en tres partes: la central y dos cuerpos laterales, que dan la impresión que se proyectaron como torres, aunque sólo se construyó la de la izquierda, que es la que alberga el campanario. El elemento arquitectónico más sobresaliente de esta fachada es sin duda la portada de inspiración clásica, que marca el acceso principal a este templo, y esta realizada en piedra tallada. En la parte superior de esta portada se sitúa una hornacina que alberga la imagen, también pétrea, del titular de la Iglesia parroquial, San Juan Bautista, obra del escultor Octavio Vicent, realizada a mediados del siglo XX. De esta misma época es el añadido decorativo, consistente en las diversas composiciones de azulejos con formas mixtilíneas de la fachada, a base de rocallas, y un reloj de sol formado por un panel de azulejos de estilo neobarroco, todo ello realizado en el taller de José Gimeno Martínez.

En el lateral derecho de la iglesia se colocaron recientemente una serie de paneles cerámicos estilo siglo XVIII, realizados por Juan Colón Buendía para conmemorar el 250 aniversario de la Traslación del Santísimo Sacramento del viejo templo al nuevo.

El interior de este templo es de estilo Neoclásico, con características barrocas, y su planta tiene forma de cruz latina encuadrada en un rectángulo. De una sola nave, aloja en sus estribos una serie de capillas en la que se encuentran las diferentes imágenes veneradas por los maniseros católicos. Entre todas ellas, cuentan con especial devoción las Santa Justa y Rufina, patronas de la ciudad de Manises y de los ceramistas.

Tras la nave central, y en su parte izquierda, se encuentra la Capilla de Comunión, construida a finales del siglo XIX, que destaca por la armonía compositiva, por ser una de las mayores de la Comunitat Valenciana y por la tejería de reflejo metálico de su cubierta piramidal a cuatro aguas. Saqueado e incendiado en agosto de 1936 fue reconstruido después de la Guerra Civil por buenos artesanos, quienes siguiendo la estética del siglo XVIII realizaron imágenes, altares y ornamentos, recuperando en gran parte el valor estético de la iglesia de San Juan Bautista.

De entre la gran cantidad de aplicaciones cerámicas con las que cuenta el templo en su interior, cabe destacar el zócalo de azulejos original de la iglesia, un viacrucis realizado a finales del siglo XIX sobre azulejos por el destacado pintor valenciano Francisco Dasí, procedente del antiguo calvario municipal, y un panel de La Última Cena, pintado por Arturo Almar en 1922, que perteneció originalmente al Circulo católico La Paz, y que reproduce La Última Cena del pintor Bassano, que se encuentra en el Museo El Prado de Madrid.